ส่วนมากโรคฉี่หนูมักไม่มีอาการรุนแรงและหายดีได้เอง แต่การรักษาโดยการให้ยาฆ่าเชื้อ ก็จะช่วยให้อาการหายเร็วขึ้น ป้องกันการเกิดอาการฉี่หนูแบบรุนแรง และ ป้องกันการกลับไปติดเชื้อซ้ำได้

ยาฆ่าเชื้อที่ใช้ในการรักษา ได้แก่ ยากลุ่มเพนิซิลลิน (Penicillin) ซึ่งเป็นยาฆ่าเชื้อแบบฉีด หรือ ดอกซีไซคลิน (Doxycycline) ซึ่งเป็นยาฆ่าเชื้อแบบกิน ระยะเวลาในการรักษา คือ 5-7 วัน ผู้ป่วยต้องรับประทานยา หรือฉีดยาตามกำหนดให้ครบถ้วนแม้อาการจะดีขึ้นแล้วก็ตาม เพื่อให้แน่ใจว่าเชื้อแบคทีเรียถูกกำจัดจนหมดยาแก้ปวด อย่างไอบูโพรเฟน (Ibuprofen) หรือ พาราเซตามอล (Paracetamol) เพื่อลดอาการปวดศีรษะ มีไข้ และปวดกล้ามเนื้อได้ ในขณะที่ผู้ป่วยโรคฉี่หนูแบบรุนแรง จะต้องนอกรักษาที่โรงพยาบาล เพื่อให้น้ำเกลือและฉีดยาฆ่าเชื้อต่อเนื่อง ผู้ป่วยบางรายอาจออกจากโรงพยาบาลได้ภายในไม่กี่วัน แต่บางรายอาจต้องพักรักษาตัวที่โรงพยาบาล เป็นเวลาหลายสัปดาห์ ทั้งนี้ก็ขึ้นอยู่กับการตอบสนองต่อยาของผู้ป่วย และความเสียหายต่ออวัยวะภายในด้วย

• ยาฆ่าเชื้อที่ใช้ในการรักษา ได้แก่ ยากลุ่มเพนิซิลลิน (Penicillin) ซึ่งเป็นยาฆ่าเชื้อแบบฉีด หรือ ดอกซีไซคลิน (Doxycycline) ซึ่งเป็นยาฆ่าเชื้อแบบกิน ระยะเวลาในการรักษา คือ 5-7 วัน ผู้ป่วยต้องรับประทานยา หรือฉีดยาตามกำหนดให้ครบถ้วนแม้อาการจะดีขึ้นแล้วก็ตาม เพื่อให้แน่ใจว่าเชื้อแบคทีเรียถูกกำจัดจนหมด

• ยาแก้ปวด อย่างไอบูโพรเฟน (Ibuprofen) หรือ พาราเซตามอล (Paracetamol) เพื่อลดอาการปวดศีรษะ มีไข้ และปวดกล้ามเนื้อได้ ในขณะที่ผู้ป่วยโรคฉี่หนูแบบรุนแรง จะต้องนอกรักษาที่โรงพยาบาล เพื่อให้น้ำเกลือและฉีดยาฆ่าเชื้อต่อเนื่อง ผู้ป่วยบางรายอาจออกจากโรงพยาบาลได้ภายในไม่กี่วัน แต่บางรายอาจต้องพักรักษาตัวที่โรงพยาบาล เป็นเวลาหลายสัปดาห์ ทั้งนี้ก็ขึ้นอยู่กับการตอบสนองต่อยาของผู้ป่วย และความเสียหายต่ออวัยวะภายในด้วย